De moeder van twaalfjarige Mahito komt tijdens de oorlog om. Zijn vader hertrouwt en het nieuwe gezin verhuist naar het platteland. Mahito kan maar moeilijk wennen aan de nieuwe situatie. En dan is er ook nog een mysterieuze reiger die hem maar blijft lastigvallen...

Op een dag leidt de reiger hem naar een verlaten toren vlakbij het huis. Daar treedt Mahito een magische wereld binnen, een wereld die gedeeld wordt door de levenden en de doden.

Dat de film zonder promotie in Japan verscheen en een instant succes werd, bevestigt de mythische status van film en maker.